Pedro relató la vez que fue secuestrado por un intermediario del Cártel de Sinaloa identificado como «Lupe Ledesma».
Los Flores habían perdido una carga de droga de Ledesma y este, pensando que se la habían robado, cobró venganza. Lupe convocó a Pedro a una reunión, sin embargo, cuando llegó al lugar acordado, 20 policías federales mexicanos entraron al lugar, lo esposaron y le vendaron los ojos, fue detenido en una celda por dos semanas.
Tras perder 30 kilos y sintiéndose morir, lo sacaron de su celda y lo llevaron a un área remota. Esposado y con los ojos vendados, Pedro fue golpeado mientras una voz le decía: «Tienes suerte, tu hermano te salvó». Le dieron la llave de sus esposas y lo abandonaron. Luego de liberarse se dio cuenta que le dejaron un teléfono en la bolsa, así que llamó a Margarito para que fuera por él.
Margarito Flores no salvó solo a Pedro, lo hizo con ayuda de «El Chapo», quien al enterarse del secuestro de uno de sus traficantes preferidos intervino.
Guzmán Loera les ofreció a los Flores que ellos mismos se vengaran de Ledesma, sin embargo, ellos se negaron.
A diferencia de la mayoría de los narcotraficantes, ellos no habían utilizado la violencia extrema para hacerse de su imperio criminal. Aun así, «El Chapo» decidió asesinar a Lupe Ledesma.
Sicarios de Guzmán Loera asfixiaron a Ledesma con una bolsa de plástico, según relató el mismo Pedro Flores.
Tras enterarse del asesinado de Lupe Ledesma, Pedro se reunió con «El Chapo» a quien le dijo que la primera vez que se conocieron tenía miedo de que él lo asesinara, el líder del Cártel de Sinaloa soltó carcajadas al escuchar y le respondió: «El cártel no mata a todos, solo a los tenemos que matar».
